De katholieke gemeenschap van Harlingen kerkte ruim 75 jaar in een schuilkerkje tot in 1879 werd besloten tot de bouw van de huidige Michaëlkerk. In 1881 was de bouw voltooid en op 31 mei van dat jaar werd de kerk plechtig gewijd. De bouwmeester van de kerk is de heer Alfred Tepe uit Utrecht. Tepe was sterk beïnvloed door de bekende architect Cuijpers. De kerk is een driebeukige kruisbasiliek, in neogotisch stijl gebouwd en zeer beeldbepalend voor de stad Harlingen. Hij is vrij sober van inrichting maar wel voorzien van mooie beelden en kunstwerken. De kansel, het hoogaltaar en de zijaltaren komen uit het atelier van beeldhouwer Friedrich Wilhelm Mengelberg.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd eerst de toren geraakt door een Engelse brandbom.
Later, op 5 november 1941, werden de kerk en de sacristie aan de noordkant getroffen bij een
bombardement en zo zwaar beschadigd, dat uitgeweken moest worden naar het R.K. Verenigingsgebouw “het Roomsche Hemeltsje” later “de Lichtboei” genoemd. Na de oorlog stond men voor de keuze: afbraak of restauratie? Vanwege haar monumentale karakter en karakteristieke bouw werd er gelukkig gekozen voor restauratie. Zeven jaar “kerkte” de katholieke Harlingers elders. Daarna kon men terugkeren naar de katholieke kerk. De kerk beschikt over enkele prachtige ramen, die zijn vervaardigd door de op 9 mei 2015 overleden kunstenaar Jan Murk de Vries. Zo voorzag hij de doopkapel van ramen, alsmede die van het priesterkoor.
Tot 2013 was de Michaëlparochie in Harlingen geheel zelfstandig. Op 1 januari 2013 fuseerde de katholieke kerk in Harlingen met de omliggende parochies: Franeker, Dronryp, St. Annaparochie en de Waddeneilanden Terschelling en Vlieland. Bij een nieuwe parochie hoorde natuurlijk ook een nieuwe naam: De Heilige Jacobus de Meerdere Parochie, met patroonheilige Jacobus de Meerdere. De gehele parochie bestaat uit zo’n 4000 gelovigen.
Zuiderhaven 75 | 8861 CM | Harlingen